既存のデータの入れ替えを行った際、 sqlite3 のimport命令で「Usage: .import FILE TABLE」エラーが表示されたときの対処をまとめました。
このメッセージで原因追及は、難しい点もありますが、ポイントとなる点をまとめました。
sqlite3 のimport命令の基本操作は、 SQLITE3のDBにCSVファイルをインポートする方法を参照してください。
対処方法（確認ポイント）
１．作業用にフォルダを作成します。
２．作業用フォルダの中に、関連するデータ（sqlite3 のDB、importするCSVファイル）を入れます。
３．sqlite3 のコマンドを発行する前に、作業用フォルダのパスを設定します。
「SQLITE3のDBにCSVファイルをインポートする方法」の手順を参照。
他にimport命令で注意ポイント
・csvファイルの区切り文字（カンマなど）が一致しているか？
・総入れ替えの場合、DB内のテーブルデータを削除してあるか？
・CSVファイルの先頭行が見出しになっていないか？
・csvファイルとimport側の項目数は、一致しているか？
・操作環境（Windowsマシーン、Mac）と文字データ（UTF-8コード、S-JIS）の扱いは適切か？
エラー原因が判らず、作業用フォルダに関連するデータを入れてコマンド発行したところ正常に処理できました。
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